Diferencia entre Retenciones y Percepciones

En principio, las retenciones y/o percepciones tienen la función de adelantar la recaudación. Pero las mismas se utilizan de diferente formas y para distintos comprobantes.

Las retenciones existen cuando se realiza una venta y quien te compra (Sujeto empresa o persona física) es agente de retención, este agente de retención te va a retener cierto porcentaje que lo vas a poder usar para la declaración jurada, ya sea de ganancia, IVA, ingresos brutos o SUSS.

Las percepciones existen cuando haces una compra y el proveedor es agente de percepción, este va a cobrar del importe neto (libre de todo impuesto) un porcentaje que lo vas a poder usar para la declaración jurada, ya sea de IVA y/o ingresos brutos, la de ingresos brutos es la percepción más común.

Más resumido:

Retención: se la efectúa en el momento del pago, el que paga (ej. cuando vos pagas a tus proveedores, o empleados)
Percepción: la efectúa el que vende en el momento de facturar la venta en ambos casos son ingresos de tributos al Fisco que se realizan con anterioridad a la determinación de los mismos en las correspondientes declaraciones juradas y generalmente revisten el carácter de pago a cuenta del impuesto que se trate.

Esto no tiene ningún perjuicio económico, porque se tomará dicha retención y/o percepción como un crédito fiscal en su declaración. Incluso en caso de tener saldos a favor, puede pedir la acreditación contra otros impuestos e incluso la devolución de dicho importe (porque los créditos por retenciones o percepciones son saldos de libre disponibilidad)

Todos los agentes de retención son designados si o si por la AFIP. La norma madre sobre este tema es la RG 18 de la AFIP. Allí están quienes son agentes de retención y quiénes son los sujetos pasibles retención, entre otras cosas.

Todos somos potenciales agentes de retención de Ganancias, ya que a éstos no los designa la DGI sino que en la medida en que tengan que hacer pagos a sus proveedores o a sus empleados por encima de los respectivos mínimos, deberán actuar como agentes de retención.
En el caso de IVA, es la AFIP quien designa en forma específica a los agentes de retención y percepción.